6 Μαρ 2022 14:47 - Στέργιος Παπαδημητρίου

  Διεξαγωγή και τρόπος εξέτασης μαθήματος "Αλγόριθμοι Βϊοπληροφορικής"

Το μάθημα "Αλγόριθμοι Βϊοπληροφορικής" θα γίνεται με διαλέξεις ερευνητικού περιεχομένου, στις οποίες η συμμετοχή θα λαμβάνεται υπόψη στην τελική βαθμολογία.


Η εξέτασή του όμως θα γίνει με την ανάπτυξη ερευνητικών εργασιών από ομάδες μέχρι 4 ατόμων.


Οι εργασίες θα αποσταλλούν με email σε μορφή .pdf, και ένα ενδεικτικό μέγεθος είναι 10-15 σελ.

Προθεσμία παράδοσής τους θα είναι η ημερομηνία εξέτασης του μαθήματος την εξεταστική Ιουνίου.

Κάθε εργασία θα ασχολείται με ένα θέμα (που είναι φυσικά της επιλογής σας).

Ορισμένα ενδεικτικά θέματα εργασιών έχουν ως εξής,

εάν και μπορούν να αναπτυχθούν και πολλά άλλα ενδιαφέροντα θέματα:




1 Hidden Markov Models και εφαρμογές τους


2 Dynamic Programming και εφαρμογές του στην ευθυγράμμιση ακολουθιών


3 Τεχνολογίες next generation sequencing και εφαρμογές τους


4 Το εργαλείο αναζήτησης ακολουθιών BLAS και οι αλγόριθμοι στους οποίους βασίζεται


5 Υπολογιστικός Εντοπισμός DNA Replication Origins


6 Motif Finding


7 Αλγόριθμοι genome reassembly


Η βιβλιογραφία που δόθηκε (βλ. και σχετική ανακοίνωση) καλύπτει πλήρως αυτά τα θέματα.

Στις διαλέξεις θα αναπτυχθεί η βασική υποδομή για τα παραπάνω θέματα.